上下顎咬合耳根處疼痛可能由多種原因引起，如顳下頜關節紊亂綜合征、智齒冠周炎、中耳炎、外耳道炎、咀嚼肌勞損等。

1. 顳下頜關節紊亂綜合征：多因關節創傷、精神因素、咬合不良等導致。表現為關節區疼痛、運動時關節彈響、下頜運動障礙等。可通過熱敷、理療、避免過度張口等緩解。

2. 智齒冠周炎：智齒萌出不全或阻生時，牙冠周圍軟組織發生的炎癥。會出現智齒周圍牙齦紅腫、疼痛，吞咽時疼痛加重，嚴重時可波及耳部。需進行局部沖洗、上藥，炎癥消退后拔除智齒。

3. 中耳炎：中耳發生的炎癥，多由細菌或病毒感染引起。除了耳部疼痛，還可能有聽力下降、耳鳴等癥狀。治療通常需要使用抗生素或抗病毒藥物。

4. 外耳道炎：外耳道皮膚的炎癥，多與挖耳、進水等有關。主要表現為外耳道紅腫、疼痛。局部應用抗生素滴耳液，保持外耳道清潔干燥。

5. 咀嚼肌勞損：長時間咀嚼硬物或單側咀嚼，可導致咀嚼肌疲勞、損傷。出現咀嚼時肌肉疼痛，有時可放射至耳部。可通過休息、熱敷、按摩等緩解。

如果上下顎咬合耳根處疼痛持續不緩解或加重，應及時就醫，明確診斷后進行相應的治療。在日常生活中，要注意保持口腔衛生，避免過度咀嚼硬物，養成良好的咀嚼習慣。