你好，可以去醫院骨科就診，查明原因對癥治療。引起肩膀疼痛的原因很多如有局部受涼、長期低頭伏案工作、或長期從事電腦操作、坐姿不正確等；再者肩周炎，可以用點消炎止痛，如萘普生，用外用麝香壯骨膏或萬靈五香膏，局部熱敷、針灸、理療、推拿等治療。
      

      病情分析：
      肩膀的后背兩側兩個大骨頭，半夜睡醒疼痛，考慮是斜方肌肌肉勞損比較大。
      指導意見：
      這個是因為局部運動過度或者姿勢不良引起的，表現為局部疼痛有固定點，去醫院掛醫學運動科或者康復理療科，平時可以熱敷按摩理療。
      
      以上是對“在肩膀的后背的兩側，兩個大骨頭半夜睡醒疼”這個問題的建議，希望對您有幫助，祝您健康！