三個月寶寶耳朵里有耳屎可能是正常的新陳代謝、外耳道皮膚分泌旺盛、環境灰塵較多、喂奶姿勢不當導致奶液流入耳朵、耳部感染等因素，需要針對病因治療，可采取的方法有觀察、清潔、調整喂奶姿勢、就醫治療等。

1.正常新陳代謝：寶寶的新陳代謝較快，耳道內會產生一些耳屎，這是正常的生理現象。一般情況下，耳屎會隨著寶寶的咀嚼、張口等動作自行排出，不需要特殊處理。

2.外耳道皮膚分泌旺盛：寶寶的外耳道皮膚可能分泌較為旺盛，導致耳屎增多。這種情況下，如耳屎未影響寶寶聽力，可先觀察，若耳屎較多影響聽力，可在醫生指導下使用專用工具進行清理。

3.環境灰塵較多：如果寶寶所處的環境灰塵較多，灰塵可能進入耳道，與耳道分泌物混合形成耳屎。應保持寶寶生活環境的清潔，減少灰塵進入耳道的機會。

4.喂奶姿勢不當：喂奶時姿勢不當，可能導致奶液流入寶寶耳朵，與耳道分泌物混合形成耳屎。家長應調整喂奶姿勢，避免奶液流入耳朵。

5.耳部感染：耳部感染可能導致耳道分泌物增多，形成耳屎。如果寶寶出現耳部紅腫、哭鬧等異常情況，應及時就醫，遵醫囑使用阿莫西林顆粒、頭孢克洛干混懸劑、氧氟沙星滴耳液等藥物進行治療。

在日常生活中，家長要注意保持寶寶耳部的清潔和干燥，避免用尖銳物品挖耳。如果發現寶寶耳朵有異常情況，應及時帶寶寶就醫，以便進行正確的診斷和治療。