肛瘺的手術方法較多，大致歸納為以下幾種： ① 肛瘺切開和切除術：手術的目的是將肛瘺的內口、瘺管、外口、支管和瘢痕組織切開或切除。 ② 切斷肛管直腸環和括約肌：此手術可造成肛門失禁，因此，要注意以下兩點： 第一，必須與括約肌纖維的方向成直角切斷； 第二，一次不可切斷兩處，如需要切斷時，應分期手術，或一處切斷一處掛線。 ③ 傷口一期植皮：切除瘺管、內口，止血修整傷口后，以溫鹽水沖洗傷口，取薄皮片覆蓋于傷口之上，并間斷縫合，加壓包扎，并控制大便排泄。 ④ 掛線療法：即將膠圈由外口穿過瘺管，從內口穿出，緊緊結扎，使瘺管壁發生壞死，成為開放性傷口，達到治愈的目的。 ⑤ 藥捻療法：用清熱解毒、祛腐生肌的中藥做成藥捻，從瘺外口插入，使瘺管痊愈。 ⑥ 姑息切除術：該手術不切斷外括約肌，適用于低位肌瘺和后方淺部蹄形肛瘺。