百日咳的治療方案包括一般治療、抗菌治療、對癥治療、并發癥治療以及中醫治療等。
1.一般治療：保持室內安靜、空氣新鮮和適當溫度、濕度。半歲以下嬰兒常突然發生窒息，應有專人守護。保持呼吸道通暢，及時清除呼吸道分泌物。
2.抗菌治療：抗菌治療可清除鼻咽部的病原體，減少傳播，痙咳期使用通常不能縮短病程。常用藥物為紅霉素、氨芐西林等。
3.對癥治療：痙咳劇烈者可給鎮靜劑，如苯巴比妥鈉、地西洋等。沙丁胺醇亦能減輕咳嗽，可以試用。
4.并發癥治療：并發肺炎可選用敏感抗生素，并發腦病時可給予脫水、止痙等對癥處理。
5.中醫治療：中醫稱百日咳為頓咳，根據不同階段進行辨證論治。在痙咳期，多采用清熱瀉肺、化痰降逆的治法；恢復期則以養陰潤肺、益氣健脾為主。
在治療百日咳的過程中，患者應注意休息，避免勞累，保持良好的生活習慣。同時，要嚴格按照醫生的建議進行治療，按時服藥，以促進病情的恢復。
