建曲和神曲都是中藥，它們在原料、制作工藝、功效、適用病癥等方面存在一些區別：

1.原料：建曲的原料較多，包括麥粉、麩皮及四十多種中藥；神曲的原料主要為面粉和青蒿、蒼耳、辣蓼、杏仁、赤小豆等藥物。

2.制作工藝：建曲的制作工藝較為復雜，需經過多道工序；神曲的制作相對簡單一些。

3.功效：建曲具有解表和中的作用，對感冒、食積等有一定療效；神曲則主要有健脾和胃、消食化積的功效。

4.適用病癥：建曲適用于感冒頭痛、食滯胸悶等病癥；神曲常用于飲食積滯、消化不良等情況。

5.藥性：建曲的藥性相對較強；神曲的藥性較為平和。

在使用建曲和神曲時，應根據自身的具體情況，在醫生的指導下合理用藥，避免自行用藥導致不良反應。同時，用藥期間應注意飲食清淡，避免食用辛辣、油膩、生冷等刺激性食物。