甲巰咪唑和丙硫氧嘧啶都是治療甲狀腺功能亢進癥的常用藥物，區別如下：

1.作用機制：甲巰咪唑通過抑制甲狀腺過氧化物酶，從而阻礙甲狀腺內碘化物的氧化及酪氨酸的偶聯，阻礙甲狀腺素T4和三碘甲狀腺原氨酸T3的合成。丙硫氧嘧啶能抑制甲狀腺過氧化物酶系統，使被攝入到甲狀腺細胞內的碘化物不能氧化成活性碘，酪氨酸不能碘化；同時，一碘酪氨酸和二碘酪氨酸的縮合過程受阻，以致不能生成甲狀腺激素。

2.半衰期：甲巰咪唑的半衰期較長，約為4-6小時。丙硫氧嘧啶的半衰期較短，約為1-2小時。

3.適用人群：甲巰咪唑適用于病情較輕，甲狀腺輕至中度腫大的患者。丙硫氧嘧啶適用于病情較重，甲狀腺重度腫大的患者，以及甲狀腺危象的治療。

4.不良反應：甲巰咪唑的不良反應主要有皮疹、皮膚瘙癢、白細胞減少等。丙硫氧嘧啶的不良反應主要有頭痛、眩暈、關節痛、胃腸道反應、皮疹、皮膚瘙癢等，丙硫氧嘧啶還可能導致肝損害，需要定期檢查肝功能。

5.藥物相互作用：甲巰咪唑與抗凝藥合用，可增強抗凝作用。丙硫氧嘧啶與口服抗凝血藥合用可降低后者的療效。

無論是使用甲巰咪唑還是丙硫氧嘧啶，都需要在醫生的指導下進行，嚴格按照醫囑用藥，定期復查甲狀腺功能、血常規、肝功能等，以便及時調整治療方案。