3歲寶寶老是半夜咳嗽不止可能是呼吸道感染、過敏、胃食管反流、氣道異物、環境干燥等因素，需要針對病因治療，可采取的方法有藥物治療、避免接觸過敏原、調整飲食、及時取出異物、改善環境濕度等。

1.呼吸道感染：寶寶的呼吸道受到病毒或細菌感染，引起炎癥反應，導致咳嗽。可表現為咳嗽、咳痰、發熱等。遵醫囑用藥，如小兒氨酚黃那敏顆粒、阿莫西林顆粒、氨溴特羅口服溶液。

2.過敏：寶寶接觸了過敏原，如花粉、塵螨、動物毛發等，引起過敏反應，導致咳嗽。可能伴有打噴嚏、流鼻涕、皮膚瘙癢等癥狀。需避免接觸過敏原，必要時遵醫囑使用氯雷他定糖漿、鹽酸西替利嗪滴劑、孟魯司特鈉咀嚼片。

3.胃食管反流：寶寶的胃內容物反流到食管，刺激咽部，引起咳嗽。多在平臥或夜間發生，可能伴有反酸、燒心等癥狀。可通過調整飲食，少量多餐，避免睡前進食等方法緩解。如癥狀嚴重，需遵醫囑使用奧美拉唑腸溶膠囊、多潘立酮混懸液、枸櫞酸莫沙必利分散片。

4.氣道異物：寶寶誤吸異物進入氣道，刺激呼吸道，引起咳嗽。咳嗽多為劇烈的嗆咳，可伴有呼吸困難。應及時就醫，通過支氣管鏡等方法取出異物。

5.環境干燥：室內空氣過于干燥，寶寶的呼吸道黏膜干燥，容易引起咳嗽。可使用加濕器增加室內濕度，緩解咳嗽癥狀。

寶寶半夜咳嗽不止，家長應密切觀察寶寶的癥狀，如咳嗽的頻率、程度、伴隨癥狀等。如果咳嗽持續不緩解或加重，應及時帶寶寶就醫，明確病因，進行針對性治療。同時，要注意保持寶寶的呼吸道通暢，給寶寶多喝水，以利于痰液的排出。