小肚子和腰總是隱隱作痛可能由盆腔炎、子宮內膜異位癥、泌尿系統結石、腰椎間盤突出、腹腔腫瘤等原因引起。

1. 盆腔炎：女性盆腔生殖器官及其周圍的結締組織、盆腔腹膜發生的炎癥。多因經期衛生不良、產后或流產后感染等導致病原體入侵。炎癥刺激可引起小肚子墜脹疼痛，還可能伴有腰骶部酸痛，常在勞累、性交后及月經前后加重，部分患者有白帶增多、異味等癥狀。

2. 子宮內膜異位癥：子宮內膜組織出現在子宮體以外的部位。異位的內膜在卵巢激素的變化影響下發生周期性出血，刺激周圍組織，引發疼痛。小肚子疼痛多在經期發作，進行性加重，還可伴有腰部放射性疼痛，對生育功能也可能產生影響。

3. 泌尿系統結石：如輸尿管結石等，結石在輸尿管內移動，刺激輸尿管黏膜，引起痙攣，導致小肚子和腰部劇烈疼痛，疼痛常呈陣發性，可伴有血尿、惡心、嘔吐等癥狀。

4. 腰椎間盤突出：腰椎間盤的退變、損傷等導致髓核突出，壓迫周圍神經組織。若壓迫支配小肚子和腰部的神經，會引起相應部位疼痛，可能伴有下肢麻木、無力等癥狀，彎腰、勞累后疼痛加重。

5. 腹腔腫瘤：如腸道腫瘤、卵巢腫瘤等，隨著腫瘤的生長，可能壓迫周圍組織和神經，引起小肚子和腰部隱痛，還可能伴有腹脹、消瘦、食欲不振等癥狀。

出現小肚子和腰總是隱隱作痛的情況，要注意休息，避免勞累和劇烈運動。疼痛持續不緩解或伴有其他不適癥狀時，應及時就醫，進行詳細檢查，明確病因后遵醫囑治療。