應調整食物中纖維素的含量，解除精神因素，給予藥物治療。腹瀉患兒應限制粗質蔬菜和水果，當腹瀉控制后仍需堅持數月，再逐漸增加纖維素量達正常水平。便秘患兒應適當增加含纖維素多的食品。本病與情緒緊張有密切關系，要解除精神因素，應向患兒介紹一些醫學知識，使其了解為功能性疾病所致，以消除其思想負擔。經上述治療，癥狀仍無明顯好轉，可考慮藥物治療，使用阿托品有時有效。苯乙哌啶可作用于直腸平滑機，減少腸蠕動，同時可增加腸的分節性收縮，使腸內容物通過延遲，適用于功能性腹瀉，長期使用可產生依賴性，與阿托品制成合劑，稱復方苯乙哌啶，產生依賴性的可能很小，有止瀉作用。此藥不宜與巴比妥類藥物同時服用。苯乙哌胺其作用與苯乙哌啶相似，可抑制腸平滑肌收縮，減少腸蠕動，適用于急、慢性腹瀉，尤其是其它止瀉藥效果不明顯的慢性功能性腹瀉。便秘常為腸痙攣引起，應避免使用瀉藥，可給予鎮靜劑。必要時可用溫水或生理鹽水灌腸。西沙必利可促進胃腸道蠕動，解除便秘。使用乳果糖可使糞便變軟，排便次數增加。應減少促使IBS發生的不利因素，注意食物中纖維素含量，飲用咖啡和含咖啡的飲料要適量。消除精神緊張，保證身心健康。