病因和發病機制至今尚未清楚,大量研究提示可能與多種因素有關,一般認為,上胃腸動力障礙是FD的主要病理生理學基礎,證據是在過半數的FD患者有胃固體排空延緩,近端胃及胃竇運動異常,幽門十二指腸運動失常,消化間期3相胃腸運動異常等胃腸動力障礙的表現,近年研究還發現胃腸動力障礙常與胃電活動異常 并存,促胃腸動力學藥治療可使大部分分患者的癥狀得到不同程度的改善,近年來,內臟感覺受到重視,早期研究發現FD患者胃的感覺容量明顯低于正常人,表明患者存在胃感覺過敏.近年研究提示,這種感覺過敏與感覺傳入通道異常有關,即正常的內臟傳入信號在脊髓,腦的水平被放大,產生過強反應.這就可以解釋,FD的癥狀在有胃排空延遲者是通過機械感受器產生,而在胃排空正常者,則由于中樞信號放大同樣可以產生,精神困素和應激因素一直被認為與FD的發病有密切的關系,調查表明,FD,患者存在個性異常,焦慮,抑郁積分顯著于高于正常人和十二指腸潰瘍組,有調查報道在FD患者辭海中,特別是童年期應激事件的發生頻率高于正常人和十二指腸潰瘍組,但精神因素的確切致病機制尚示闡明.
      再者胃鏡檢查結果提示約半數FD患者有幽門螺桿菌感染及由此而引直的慢性胃炎,但研究至今示發現幽門螺桿菌感染及慢性胃炎與FD癥狀有明確的相關性,且長期隨訪證明,經治療幽門螺桿菌被根除并伴慢性胃炎病理組織學改善之后,大多數患者癥狀并未得到改善,因此目前多數學者認為幽門螺桿菌感染及慢性胃炎在FD發病中不起主要作用.