阿托品與山莨菪堿在藥理作用、不良反應、臨床應用、藥代動力學、化學結構等方面存在區別 。

1. 藥理作用：阿托品對M膽堿受體亞型的選擇性不高，能廣泛作用于多種器官組織，抑制腺體分泌、擴瞳、升高眼壓、調節麻痹、松弛內臟平滑肌、興奮心臟等；山莨菪堿對M受體有一定選擇性，主要作用于平滑肌和血管，解除平滑肌痙攣、改善微循環作用較強，對腺體、眼等作用較弱 。

2. 不良反應：阿托品不良反應較多，常見口干、視物模糊、心率加快、瞳孔擴大及皮膚潮紅等，劑量增大還可出現中樞興奮癥狀；山莨菪堿不良反應相對較少且較輕，常見的有口干、面紅、輕度擴瞳、視近物模糊等，中樞興奮癥狀少見 。

3. 臨床應用：阿托品用于全身麻醉前給藥、緩解內臟絞痛、眼科散瞳驗光、治療緩慢型心律失常、抗休克及解救有機磷酸酯類中毒等；山莨菪堿主要用于感染性休克、內臟平滑肌絞痛，也用于眩暈癥、血管神經性頭痛等 。

4. 藥代動力學：阿托品口服吸收迅速，分布廣泛，可透過血腦屏障，作用維持時間較長；山莨菪堿口服吸收較差，多采用注射給藥，體內代謝較快，作用維持時間較短 。

5. 化學結構：阿托品是莨菪醇和莨菪酸結合成的酯；山莨菪堿是從茄科植物唐古特山莨菪中提取的一種生物堿，化學結構與阿托品有一定相似性，但存在差異 。

使用這兩種藥物時，務必嚴格遵循醫生的指導。醫生會依據具體病情、身體狀況等因素，精準選擇合適藥物并確定恰當劑量。自行增減藥量或隨意換藥可能影響治療效果，甚至引發嚴重不良反應。用藥過程中若出現異常，應及時與醫生溝通。