腳指甲長在肉里面化膿可能是修剪指甲不當、穿鞋不合適、外傷、甲溝炎、真菌感染等因素，需要針對病因治療，可采取的方法有局部處理、藥物治療、手術治療等。

1.修剪指甲不當：指甲修剪過短或形狀不合適，容易導致指甲往肉里生長。應注意正確修剪指甲，避免過短或過深。

2.穿鞋不合適：長期穿著過緊或過小的鞋子，會擠壓腳趾，增加指甲嵌入肉里的風險。建議選擇合適尺碼、寬松舒適的鞋子。

3.外傷：腳趾受到外力撞擊或擠壓，可能引起指甲變形，進而長進肉里。若有外傷，應及時處理傷口，避免感染。

4.甲溝炎：甲溝炎是指甲周圍組織的炎癥，可導致指甲周圍紅腫、疼痛，甚至化膿。遵醫囑用藥，如阿莫西林膠囊、頭孢呋辛酯片、甲硝唑片等進行抗感染治療。

5.真菌感染：真菌感染腳趾甲后，指甲會變厚、變形，容易嵌入肉里。可在醫生指導下使用抗真菌藥物，如伊曲康唑膠囊、特比萘芬片、氟康唑膠囊等。

在日常生活中，要注意保持腳部清潔干燥，定期修剪指甲，選擇合適的鞋襪。如果癥狀嚴重或持續不緩解，應及時就醫，遵循醫生的建議進行治療。