三歲小男孩陰莖小可能是由肥胖、內分泌異常、隱匿性陰莖、染色體異常、先天性小陰莖等情況導致。

1. 肥胖：如果小男孩身體較為肥胖，恥骨前脂肪堆積過多，會將陰莖部分埋藏在脂肪組織中，從外觀上看陰莖就顯得比較小。這種情況在肥胖兒童中較為常見，一般通過控制體重，減少恥骨前脂肪堆積，陰莖外觀會有所改善。

2. 內分泌異常：內分泌系統對陰莖的發育起著關鍵作用。若小男孩體內雄激素水平不足，會影響陰莖的正常生長。比如下丘腦 - 垂體 - 性腺軸功能異常，可導致雄激素分泌減少，進而使陰莖發育受限。這種情況需要進一步檢查內分泌相關指標來明確診斷。

3. 隱匿性陰莖：這是一種常見的陰莖發育異常情況，陰莖體被埋藏于恥骨前皮下組織內，外觀上只見陰莖包皮，看不到陰莖體。它可能與陰莖肉膜發育異常等因素有關，需要專業醫生進行體格檢查來判斷。

4. 染色體異常：某些染色體疾病，如克氏綜合征等，會影響小男孩的生殖系統發育，導致陰莖短小。此類情況相對罕見，通常需要進行染色體核型分析等檢查來確診。

5. 先天性小陰莖：這是一種先天性的陰莖發育畸形，陰莖外觀明顯小于同齡人，可能伴有其他生殖系統畸形。其發病原因較為復雜，可能與遺傳、胚胎發育過程中的異常等多種因素有關。

如果發現三歲小男孩陰莖小，家長不必過于驚慌，但也不能忽視。應及時帶孩子到正規醫院的小兒泌尿外科或男科就診，醫生會通過詳細的檢查評估，明確原因，并給予針對性的建議和治療。日常生活中，要注意孩子的營養均衡，避免過度肥胖，定期帶孩子進行體檢。