百日咳的治療方案包括一般治療、抗菌治療、對癥治療、并發癥治療以及中醫治療等。

1.一般治療：保持室內安靜、空氣新鮮和適當溫度、濕度。半歲以下嬰兒常突然發生窒息，應有專人守護。保持呼吸道通暢，及時清除呼吸道分泌物。進食營養豐富、易于消化的食物，補充各種維生素和鈣劑。

2.抗菌治療：抗菌治療可清除鼻咽部的病原體，減少傳播，痙咳期使用通常不能縮短病程。常用藥物為紅霉素、氨芐西林、復方磺胺甲噁唑等。

3.對癥治療：痙咳劇烈者可給鎮靜劑，如苯巴比妥鈉、地西洋等。沙丁胺醇亦能減輕咳嗽，可以試用。

4.并發癥治療：并發肺炎可選用敏感抗生素，并發腦病時可給予脫水、止痙等對癥處理。

5.中醫治療：中醫稱百日咳為頓咳，根據病癥的不同階段進行辨證論治。在初咳期，以疏風散寒、宣肺止咳為主；在痙咳期，以清熱瀉肺、化痰降逆為主；在恢復期，以養陰潤肺、益氣健脾為主。

在治療百日咳的過程中，患者應注意休息，避免勞累，保持良好的心態。同時，要按照醫生的建議進行治療，按時服藥，定期復查，以確保病情得到有效控制和恢復。