對先天性肛門閉鎖的治療，均以手術為主。①低位鎖肛：常規消毒，不用局麻也可，只要將會陰部皮膚切開，稍加分離，然后進行擴張，就可以治愈。②高位鎖肛：一是切開骶尾部和腹部，把直腸盲端拖至會陰做成肛門。二是先在腹部作一個人工肛門，等小兒長到1～2歲，再作切開腹部或骶尾部的直腸肛門吻合術。三是用自動間歇電磁吸引治療鎖肛。即作乙狀結腸造瘺(即人工肛門)后，把適當的圓柱狀鐵塊(直徑在約0.5cm)送入直腸盲段，然后用間歇性磁力吸引裝置在體外肛門部位進行吸引，使直腸由高位逐漸下降到低位時，再作低位切開肛門成形術。該方法創傷小，并發癥少，肛門失禁等后遺癥較少。③肛門直腸狹窄：對肛門直腸狹窄的新生兒，不可采用手術方法。只需每天做持續擴肛即可，一般不會有后遺癥。只要治療及時、得法，鎖肛癥一般不會導致新生兒死亡。