現在研究認為腦淋巴瘤是非腫瘤性淋巴細胞在中樞神經系統反應性集聚所致。由于腦組織缺乏淋巴系統，單核炎癥細胞數相對為低，腦組織的免疫功能相對較薄弱，在慢性抗原的刺激下，可能發生特異性的基因突變，形成單克隆增殖而發展成惡性淋巴瘤。腦外淋巴結細胞變成腫瘤，腫瘤細胞隨血循環遷移至腦部。
      

      腦部淋巴瘤是由于免疫系統發生了功能紊亂所引起的，所以在臨床上原發于腦部的淋巴瘤，常見于艾滋病的患者和先天性免疫缺陷疾病的患者，以及長期使用免疫抑制治療的患者，比如各種器官移植之后的患者和醫源性免疫缺陷的患者。