治療方法主要分手術和藥物兩大類，根據病人年齡、病情輕重和有沒有生育要求等綜合考慮。治療方法應因人而異。一、手術治療：最早用于子宮內膜異位癥的治療，至今仍然是主要手段之一。治療主要適合于病情較重或疼痛嚴重而藥物治療無效者；（一）保守性手術：僅切除內膜異位病灶，保留卵巢和子宮。適用于年輕、想保存生育機能者，術后大約50%-60%能懷孕。但疼痛復發率較高；（二）半根治性手術：切除異位病灶的同時切除子宮，至少要保留部分卵巢。適用于已生育、年齡在３５歲以上、疼痛頑固或同時伴有子宮病變者，半根治性手術可根治痛經，術后異位癥復發的機會很少。（三）根治性手術：切除雙側附件及子宮，可根治子宮內膜異位癥，適用于更年期婦女；近年來，廣泛開展腹腔鏡手術治療子宮內膜異位癥，開腹手術能做的手術腹腔鏡手術均能完成。此外，腹腔鏡手術還具有創傷小、恢復快和術后盆腔粘連少等優點。術后癥狀緩解率及妊娠率可達到開腹手術的效果。越來越受到人們的重視；二、藥物治療：適用于病情較輕、卵巢巧克力囊腫不大者。療程一般為6-9個月。若作為手術前后的輔助治療，療程可縮短為3-6個月。（一）丹那唑，副反應雖較多見，但大多數不重，無需停藥。偶爾有肝功過高者，宜及時停藥并給于保肝治療；（二）內美通，副反應輕，而且用藥方便；（三）孕激素類藥物，婦康片、婦寧片、安宮黃體酮等，適用于經濟負擔較重，不能服用丹那唑或內美通者，但促生育的作用較小，用藥期間亦應定期檢查肝功；（四）避孕藥：如復方１８甲，需注意，避孕藥內的雌激素可刺激子宮肌瘤長大，故有肌瘤者慎用；（五）促性腺激素釋放激素激動劑，長期用藥可能引起骨質疏松。適用于更年期婦女，尤其是合并子宮肌瘤者；（六）三苯氧胺，它不抑制排卵，緩解痛經效果好，副反應小，對異位癥的體征療效差，適合于癥狀重而體征輕者；以上藥物的濃度及用法，須遵醫囑