運動落后，部分病毒性腦炎經過治療，病毒感染得到控制，但是對腦細胞造成一定的損傷，損傷大腦皮層的運動區或認知感覺區，可出現運動方面的落后，或者不協調。還有智力問題和大腦皮層神經元的異常放電及癲癇。
      

      多是大腦異常放電導致的。其次，還會有失語、耳聾、共濟失調、嗆咳、吞咽困難以及性格改變等后遺癥的發生。吞咽困難，耳聾失語，癡呆智力低下以及多汗，酒涎等自主神經功能失調，嚴重會導致意識障礙，運動障礙，以及雙側聽力喪失。