治療白塞病以腎上腺皮質激素為主。局部治療有涂藥：0.1%醋酸氟羥潑尼松軟膏、四環素軟膏；滴眼：0.5%醋酸氫化可的松滴眼液；含咽：四環素250mg（1片）溶于水中，含漱2分鐘后咽下；含漱：0.02%~0.2%洗必泰液、1%硼酸液；坐浴：1/5000高錳酸鉀液，用于外陰潰瘍者。全身治療：強的松20mg，每日3次，口服；消炎痛25mg，每日2~3次，阿斯匹林0.3g，每日3次；秋水仙堿，每日0.5~0.6mg，分2~3次口服（不良反應有骨髓抑制、惡心、嘔吐、食欲減退，不能過量服用）；反應停25~50mg，每日3~4次（有致畸性，孕婦禁用）。口腔潰瘍的治療基本與復發性口瘡相同。中醫認為白塞病是由于肝腎陰虛、濕毒熏發而致。選用甘草瀉心湯（炙甘草、半夏、干姜、黃連、黃芩、黨參、大棗）、龍膽瀉肝湯（龍膽草、梔子、黃芩、澤瀉、木通、車前子、當歸、柴胡、生地黃、甘草）、四物黃連解毒湯加味（溫清飲）（生地黃、當歸、赤芍、川芎、黃連、黃芩、黃柏、梔子、板藍根、人中黃）、封髓丹（黨參、大棗、甘草、黃柏、白術）等加減治療。