HSV感染人體后1周左右，血中出現中和抗體，3-4周達高峰，可持續多年，這些抗體能清除病毒和使機體康復，但大多數個體不能徹底消滅病毒，也不能阻止復發，病毒以潛伏狀態長期存在宿主體內。不同亞型HSV感染者急性首發生殖器皰疹的臨床過程相似，但生殖器病變復發率不同，首發HSV-2感染者約90%，在12個月內會出現一次復發（平均復發4次）。不同個體及同一病人一生中生殖器HSV-2感染的復發率變化很大，大多數年復發5-9次，一般在原發皰疹消退后1-4個月內發生，有些患者受到促發因素，如發熱、月經、日曬、寒冷、某些病毒感染等的影響而復發，其特點是每次復發往往發生在同一部位，復發前可有前驅癥狀如局部瘙癢，發疹前數小時感染部位有灼燒，麻刺感。本病一般經過3周左右可以痊愈，但常有反復發作，一般原發疹后1-4個月內復發，癥狀較原發者輕，范圍亦小，局限于生殖器部位，有時僅有1-2個皰疹，病程亦短，自發病至愈合8-12天。