電子腸鏡在正規醫院進行檢查時，一般不會傳染艾滋病。這主要基于以下幾個原因：嚴格的消毒程序：在正規醫院，電子腸鏡在每次使用后都會經過嚴格的清洗和消毒程序。這些程序包括初洗、酶洗、浸泡、消毒以及再次沖洗和吹干等多個步驟，確保腸鏡上沒有細菌、病毒等微生物殘留。這樣的消毒過程可以有效地殺死艾滋病病毒等病原體，從而避免交叉感染。傳染病檢測：在進行腸鏡檢查之前，醫院通常會對患者進行傳染病方面的檢測，包括乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病等。這有助于提前識別潛在的傳染源，并采取相應的預防措施。專用腸鏡：對于已經確診患有乙肝、丙肝、梅毒或艾滋病等感染性疾病的患者，醫院會為他們提供專用的腸鏡進行檢查，以避免與其他患者共用同一根腸鏡。在檢查結束后，這些專用腸鏡也會進行更加深入的消毒和滅菌處理。
      儲鏡柜的消毒功能：在醫院中，用于存放腸鏡的儲鏡柜本身也具有消毒功能，可以進一步確保腸鏡的清潔和無菌狀態。
      在正規醫院進行電子腸鏡檢查時，由于有嚴格的消毒程序和傳染病檢測等措施的保障，因此一般不會傳染艾滋病。然而，如果患者選擇去不正規的機構進行檢查，可能會因為消毒不徹底等原因而增加感染艾滋病的風險。因此，建議患者在進行腸鏡檢查時選擇正規醫院，并遵循醫生的建議和指導。